אף בדיקה אינה מסוגלת לזהות את כל הבעיות הגנטיות והלא-גנטיות שעלולות להופיע בתינוק. אפילו אם תוצאת הבדיקה מצביעה כי “אין חשד להפרעות במספר הכרומוזומים”, זה עדיין לא שולל לחלוטין את האפשרות שהתינוק ילקה בהפרעה כלשהי בכרומוזומים 21, 18 ו-13 או במספר כרומוזומי המין, או בתסמונות הנוספות שנבדקו.
